南京信息工程大学高等教育研究所成立于2006年，是学校从事高等教育研究的专门机构，也是为学校发展提供决策参考的咨询机构。部门主要承担学校发展和运行过程中的高等教育学有关的理论研究、政策研究、研究生培养等职能。高等教育研究所现有教职工5人，其中博士4人，硕士1人；教授1人，副教授4人；另有兼职研究人员数人。

    高等教育研究所以高等教育理论研究为基础，服务学校各项事业发展。在教育科研方面取得显著成绩，承担和完成省部级以上项目30余项（其中包括国家社科基金、全国教育规划教育部重点课题、教育部人文社科项目、江苏省社科基金重点项目等），在研省部级项目10余项；在《高等教育研究》、《中国高教研究》、《比较教育研究》等高等教育期刊上发表学术论文200余篇；出版教育教学研究专著10本；获得国家教学成果奖2项，全国教育科学研究优秀成果奖2项，江苏省高等教育教学成果特等奖2项，全国教育科学研究成果奖2项，江苏省省哲学社会科学奖5项。在政策研究方面：积极为学校的发展决策服务，先后承担了学院制改革、实验室管理体制改革、大学学分制、工科学院发展、学部制改革、高等教育国际化、技术产业化、局省共建、大学章程、大学排名、气象学科排名等学校重大项目，对学校快速发展和科学决策起到了重要作用。同时，为充分调动全校教职工参与学校发展及日常运行的建言献策的积极性，提高我校决策的科学性，部门设立了“高等教育调研及政策研究课题”并实施管理。在研究生培养方面，在马克思主义学院、法政学院、 教师教育学院招收硕士研究生，已培养了多名优秀毕业生，在管理工程学院招收博士研究生。

    高等教育研究所积极开展多种形式的学术活动和社会服务，多次应邀主持和参加省内外相关单位组织的教育咨询、政策制定、教学评估、项目评审、讲学讲座等活动， 2011年、2015年、2018年、2020年、2022年连续五届被评为“江苏省教育科研先进集体”，2008年、2015年、2017年连续三届获得“全国优秀高等教育研究机构”。